オプションの設定で、「正解が一つの場合」欄で「複数解答」が指定されている場合は、正解が一つでも複数解答問題とみなします。
をクリックしてオプション設定ウィンドウを開き、 「正解が一つの場合」の欄で「行頭に○」がチェックされていることを確認します。(デフォルト)